上海东方肝胆医院（中国人民解放军第二军医大学第三附属医院，又称上海东方肝胆外科医院，东方肝胆外科研究所），集医、教、研为一体的院、所合一、国内惟一的专科医院已成为国家重点学科，国家级继续医学教育基地，全军肝胆外科专科中心，全军肝胆外科研究所，全军重点研究所，军队“重中之重”建设学科，上海市医学领先专业重点学科，上海市临床医学中心。1996年上海东方肝胆医院被批准为“三级甲等”专科医院。拥有660张床位和先进的仪器设备。
    上海东方肝胆外科医院长期坚持医、教、研相结合，在原发性肝癌的早期诊断和治疗，中晚期肝癌的综合治疗，原发性肝癌术后抗复发治疗，肿瘤的免疫治疗、介入治疗，复杂胆道疾病的手术治疗，肝胆疾病的内窥镜治疗，以及肝移植等方面均居国内外先进水平。不仅采用传统的外科手术治疗方法，还采取了微波方法、射频方法、氩氦刀方法、激光光敏技术、肝内肿瘤酒精注射疗法和经股动脉至肝动脉插管加栓塞疗法等。
    上海东方肝胆医院现年门诊量7万多人次，年收治住院病人11000多人次。至2004年12月止，吴孟超率领同事们已成功实施肝脏切除手术近17000例，积累了国际上最大宗的肝癌病例库和标本库，手术成功率达到98.5%，术后5年总生存率达48.6%，小肝癌术后5年生存率达79.8%，术后生存时间最长的已达40年，病人至今健在。肝癌切除例数、切除率、生存率等指标均处于国际领先水平。1996年成功施行肝移植5例，最小的病人年仅9岁。除1例术后半年，因原有的肝炎急性发作导致暴发性肝炎死亡外，其他4例均得以长期生存，最长已健康生活了8年，今年已大学毕业。目前肝移植已成为该院常规治疗方法之一。近5年来，收治复杂胆管损伤及高位胆管狭窄病人620人次，施行术后复杂肝胆管结石的系列化手术治疗1930例，收治高位胆管癌近251例，其治疗效果均处国内先进水平。
    东方肝胆外科医院拥有一支由吴孟超院士领衔，以拔尖中青年为骨干的优秀科技干部队伍，现有高级职称56名，博士生导师16名，硕士生导师12名。1996年1月，中央军委授予吴孟超“模范医学专家”荣誉称号。医院先后有1人入选长江学者奖励计划特聘教授，2人入选国家“百千万”人才工程，1人获中国有突出贡献博士，1人获全国“巾帼建功”标兵；4人获全军“育才奖”银奖，2人获总后“一代名师”、1人获总后“科技金星”、2人获总后“科技银星”、2人获总后“科技新星”；3人获上海市“科技精英”称号，3人获上海市“银蛇奖”，1人获上海市“育才奖”，2人入选上海市“百人计划”。
    上海东方肝胆医院自1978年以来，共培养博士后19名，博士研究生78名，硕士研究生115名，并承担外国留学生、本科、大专、中专等教学任务，多年来还为全国各地培养进修生千余名，是国内培养肝胆外科高层次人才的教学基地。获国家科技进步一、二、三等奖共5项，全国医药科技成果金杯奖、全国科技大会奖、全军科技大会奖共3项，军队科技进步一、二、三等奖33项，军队医疗成果一、二、三等奖11项，上海市医疗成果一等奖、上海市医学科技一等奖和上海市科技进步一、二、三等奖8项。中华医学科技二等奖1项。何梁何利基金奖2项。陈嘉庚医学奖1项。在研课题37个，获国内外各类科技基金资助1650万元。举办中德、中加肿瘤研讨会等国际会议3次，全国、全军会议6次。
    上海东方肝胆医院在院长吴孟超院士的领导下，为我国肝胆外科事业的发展作出了重大贡献。早在20世纪50年代，吴孟超等人制作和研究了200余例我国正常人肝脏标本，首次独创性地提出了中国人肝脏解剖的新见解，创立了以“五叶四段”为特色的肝脏外科解剖理论，为肝脏外科的开展奠定了重要的解剖学基础。60年代初期，他发明了简便、安全的肝脏外科手术新方法——常温下间歇肝门阻断切肝法，明显减少了肝脏手术出血，大大缩短了肝脏手术时间。1963年。吴孟超采用了常温下间歇肝门阻断法实施中肝叶切除术获得成功，成为肝脏外科的一大突破，进一步提高了肝癌及其他肝脏病症的外科疗效。1975年，吴孟超成功地切除了迄今为止世界上最大的重达18公斤的特大肝海绵状血管瘤，并发明了捆扎治疗血管瘤的新方法，使外科治疗肝海绵状血管瘤的成功率达到100%。他还创立了用肝动脉插管、栓塞、结扎的方法治疗不能切除的肝癌，在中、晚期肝癌治疗上取得了明显疗效。他曾带领课题组在上海开展了18万人次的高危人群肝癌普查，研究早期发现肝癌，使许多早期肝癌病人得到及时发现和治疗，并使临床确诊率提高到90%以上。吴孟超教授还提出了两个重要观点，即肝癌切除后复发再手术和肝癌二期手术。肝癌切除后复发再手术次数最高达5次；采用肝动脉阻断使不能手术切除的大肝癌缩小后，再行二期切除，病人术后5年生存率达66.6%。80年代初，他又在我国首先采用了常温下无血切肝术，再次提高了手术成功率。其后，他又开展了小儿肝脏外科研究，成功地为12例4~12个月婴儿切除了重达800～1300克的巨大肝母细胞癌，除1例术后2年死亡外其余患儿均健存，其中一例现已14岁。他还不间断地开展了半离体肝切除术、等离子手术刀、微波治疗肝癌、免疫综合疗法、单克隆抗体导向定位诊断和导向治疗、顺铂微球化疗等一系列新技术、新方法，并开始提出免疫化学治疗的新观念和治疗措施。进入90年代后，吴孟超教授又带领他的学生们开始与国外联合研究肝癌免疫治疗这一重大项目，并于1993年底获重大进展，研制出可使免疫系统识别并杀死肝癌细胞的新型疫苗，这种疫苗在大鼠体内实验成功。同时，他继续开辟肝脏手术的新领域，成功地开展了高难度的腹腔镜下肝癌、肝海绵状血管瘤切除术、肝破裂修补术和肝动脉结扎术，均为世界首例。
    吴孟超教授领导的东方肝胆外科研究所作为军队科研、医学和教学的中心，1979年、1981年分别被批准为国家恢复研究生制度后的第一批硕士、博士授权点学科，1989年被批准为国家重点学科和军队开放实验室，1991年被批准为军队重点实验室和临床医学博士后流动站。同时承担了国家、军队和地方的许多重大科研课题，在肝胆外科及肝癌的基础和临床研究方面始终起着科研导向作用。
    面对国际国内医学科学的迅速发展，上海东方肝胆医院紧盯肝胆领域国际前沿，围绕肝胆疾病的诊断治疗，提出了新一轮攻坚目标，力争建成具有国际先进水平的肝胆外科治疗中心。